Joakim Skovgaard er i dag bedst kendt for sin totaludsmykning af Viborg Domkirke. En personlig tolkning af det kristne budskab i et dekorativt, stiliseret formsprog med let forståelige motiver, der iscenesætter de bibelske fortællinger.
Joakim Skovgaards virke rækker dog langt videre i både indhold og form. Som kunstner var hans bredde eksemplarisk med udgangspunkt i faderens (P.C. Skovgaard) nationalromantiske landskaber over skønvirkeinspireret kunsthåndværk til hans symbolistiske nytolkninger af et kristent billedsprog. Han arbejdede med tegning, maleri, grafik, keramik og møbeldesign. Han satte sit ornamentale præg på alt fra den totale kirkeudsmykning og hjemmet i Rosenvænget til bøger, malerier og små vignetter. Geografisk rejste han til egne så fjerne som Java, men også til Grækenland og Italien.
Mellem guldalderens romantik og fransk realisme
Hans uddannelse foregik delvist på Léon Bonnats malerskole i Paris, i selskab med stort set hele den samtidige generation af danske malere, men med et helt andet slutpunkt end eksempelvis P.S. Krøyer. Joakim Skovgaard var på trods af sit meget danske, grundtvigianske udgangspunkt, internationalt orienteret. Tidligt i sit kunstneriske virke orienterede Skovgaard sig mod det moderne, franske maleri. I modsætning til broderen Niels var Joakim optaget og fascineret af den franske naturalisme, og skrev begejstret hjem til broderen om sine nyopdagelser. Det var dog først langt senere, at Niels lod sig overbevise om, at Joakims blik havde været nødvendigt og rigtigt.
Keramiske eksperimenter
Joakim Skovgaards kunstneriske modning under hans rejser udvikledes i en dekorativ retning, da han som en af de bærende kræfter i den kreds af yngre kunstnere, gennem det keramiske medie løsrev sig fra deres fædrene ophav. De keramiske eksperimenter, som blev gestaltet i et pottemagerværksted på Utterslev Mark, var på flere måder en smeltedigel for unge, ambitiøse kunstnere, der var tynget af guldalderens kunstneriske tradition og tankesæt. Værkstedet antog karakter af et frirum, hvor lysten til at eksperimentere blev drivkraften bag en lang række keramiske værker, som foregreb det modernistiske formsprog. Skovgaard lagde ud med motiver hentet i den klassiske mytologi, men siden fandt også bibelske motiver sat sammen med naturstudier vej til hans keramik.
Kunstneriske nybrud
Joakim Skovgaard formåede at give det kristne, religiøse indhold en samtidig form og udtryk i en tid, hvor motiverne i den genre var stivnede og anakronistiske. Som én af få kunstnere bevarede Skovgaard troen i en tid, hvor Nietzsche, og med ham Georg Brandes, havde erklæret guds død, for i stedet at indsætte mennesket som den bærende kraft. Skovgaard var dog samtidig en central figur i 1890'ernes kunstneriske nybrud, som medstifter af Den frie Udstilling i 1891.