Hustru
Agnete Skovgaard f. Lange
Agnete Skovgaard f. Lange (1861-1924) var datter af botaniker Johan Lange, direktør for Botanisk Have og senere professor (1818-98), og Eline Cathrine Bredsdorff (1835-1912).
Agnete mødte Joakim i kirken på Vartov, hvor de begge kom til gudstjeneste om søndagen. De talte sammen første gang den 4. november 1885, blev forlovet den 21. december og giftede sig den 6. maj 1886. De fik sammen 10 børn.