Den første udstilling og starten på et museum
I 1935 afholdtes en udstilling i det daværende rådhus' festsal. Udstillingen var med kunstneren og professoren Joakim Skovgaards efterladte skitsebøger, studier og udkast til malerier og andre arbejder. Byen ønskede at hædre Joakim Skovgaard, der i årene 1901-1906 havde fuldført udsmykningen af den genopbyggede Viborg Domkirke.

Udstillingen på Viborgs daværende rådhus kom til at danne grundlag for det nye Skovgaard Museum i Viborg. Skovgaard familien havde lovet sin store samling som gave til byen på betingelse af, at den blev ophængt i "passende rammer". Værker blev indsamlet til museet, der kunne åbne dørene d. 25. juli i 1937. Museet rådede i begyndelsen over den lille, gamle telegrafbygning, der lå ved siden af det oprindelige rådhus på Domkirkestræde. Man måtte køre på lavt blus, for tilskuddene var ikke store.

Et museum udvikles
Ganske i kunstnerfamiliens ånd og efter Viborg bys ønske, voksede der en samling til, som omfatter fem generationer af familien Skovgaard og kunstnere i kredsen omkring dem. Samlingen belyser maleriets, billedhuggerkunstens og kunsthåndværkets historie i Danmark fra 1830 til 1960.

Det begyndende økonomiske opsving omkring 1960 gav byen større økonomisk handlefrihed, og den nye museumslov fra 1958 åbnede ligeledes op for forandringer for museet. I 1962 blev Harald Ditzel ansat som leder af museet, afløst i 1982 af Thomas Bullinger, der fungerede som museets leder indtil 2005. Året før i 2004 blev museet fagligt opnormeret, da endnu en kunsthistoriker blev ansat i forbindelse med museumslovens revision i 2003.

Samtidig med Ditzels tiltræden flyttede museet til Samuel Gerbers Gård, Sct. Mogens Gade 3. Museets pladsproblemer blev dog først rigtig afhjulpet i 1981, da Viborg Stiftsmuseum flyttede fra rådhuset på Domkirkestræde til placeringen på Hjultorvet samtidig med, at  Skovgaard Museet rykkede ind i Viborgs smukke, gamle rådhus fra 1728, opført af bygmester Claus Stallknecht fra Altona.

Museet i dag
Skovgaard Museet er i dag et statsanerkendt, selvejende kunstmuseum. Museet skal gennem indsamling, registrering, bevaring, forskning og formidling indenfor sit ansvarsområde virke for sikringen af Danmarks kulturarv og belyse tilstande og forandringer indenfor kunsthistorien. Museets ansvarsområde er kunstneriske udtryk frembragt af Joakim Skovgaard og hans slægt, venner og elever samt den relevante kunst og kunstneriske genre, som især er blevet dyrket af disse (den kirkelige kunst, kunsthåndværk, landskabsmaleri). Man kan derfor opleve et århundrede af dansk kunst med værker fra den danske guldalder og tiden efter fra 18-1900-tallet. Gennem skiftende særudstillinger fortæller museet nye historier og præsenterer ældre og helt ny kunst, der giver nye perspektiver på Skovgaard-familiens livsværk.

Guldalder generationen
På Skovgaard Museet er der desuden værker af malerne Johan Thomas Lundbye, Thorald Læssøe, Lorenz Frølich, Constantin Hansen og Janus la Cour. De tilhørte alle kredsen omkring P.C. Skovgaard og var markante kunstnere i den danske guldalder med nationalromantiske værker, rejsebilleder og portrætter.

Sønnernes generation
Vel stod sønnerne Joakim og Niels under indflydelse af deres fader og den grundtvigianske forestillingsverden, men de gik deres egne veje. Joakim Skovgaards monumentale kirkeudsmykninger i mosaik og fresko og Niels Skovgaards skildring af nordisk mytologi og sagnverden tilhører en anden tid, med et nyt formsprog og andre kunstneriske idealer.

Søsteren Susette, vennerne Niels Larsen Stevns, Thorvald Bindesbøll, August Jerndorff og Viggo Pedersen er repræsenteret ikke blot med malerier, men også med eksempler på billedhuggerkunst, keramik, bogkunst og kunsthåndværk.

Denne generation var en del af den symbolistiske bevægelse, der omfattede en mangfoldighed af medier i kunst og kunsthåndværk, der forenes i en ny forståelse af omverden. Kunsten tager i højere grad udgangspunkt i kunstneren selv frem for i omgivelserne. Skønvirkeinspireret kunsthåndværk blev del af det kunstneriske udtryk og bragte skønheden ind i det daglige liv.